食物消化时出现副作用就会引起食物过敏。这种副作用可能会，也可能不会受到免疫系统调节（控制或影响）。副作用的产生可能源于蛋白质、淀粉或食物中的其他一些成分，抑或是食物中的一些杂质（如色素、保鲜剂等）。
被消化的食物分子作为抗原（可由抗体附着的物质）起作用时，就会出现典型的食物过敏反应。抗体是由白细胞产生的蛋白质分子，可以与外来物质相结合，在食物过敏病例中，外来物质指的就是抗原。食物抗原可由过敏抗体IgE（免疫球蛋白E）结合。IgE是一种特定的免疫球蛋白（蛋白质），可以与特定的白细胞结合，如肥大细胞和嗜碱性粒细胞。当IgE和食物抗原与肥大细胞或嗜碱性粒细胞结合在一起时，就会释放可以引起肿胀和发炎的组胺。关于引起食物过敏症状的机理将在下文“免疫系统和过敏”部分进一步讨论。
其他一些意指食物过敏的术语包括：食物超敏性、食物接触变质、食物变异反应、食物不耐受、食物药理反应、食物代谢反应和食物敏感。
最初发现“食物过敏”的人是希腊著名的医生希波克拉底。他发现牛奶可以引起胃部不适和风疹。他这样记载：“许多人对一些食物已习惯性地每天吃一次，如果一天当中吃两次，可能就会开始出现一系列的严重症状。”
食物过敏牵涉许多医疗领域，几乎可以影响身体的各个部位，从出现消化不良和胃炎等轻微的不适症状到患乳糜泻、关节炎和慢性感染等严重疾病。过敏通常与大量的中枢神经系统疾病有关，包括抑郁症、焦虑症和慢性疲劳。过敏反应中出现的实际症状取决于免疫系统功能状况、炎症的介质和组织对特殊介质的敏感性。食物过敏会出现许多普通症状，与身体的健康况状有关。
通常与食物过敏相关的症状与疾病
系统症状与疾病
消化系统溃疡、乳糜泻、慢性腹泻、十二指溃疡、胃炎、肠激惹综合征、吸收障碍、溃疡性肠炎
泌尿系统遗尿、慢性膀胱炎、肾病
免疫系统慢性感染、频发性耳部感染
神经系统焦虑症、抑郁症、机能亢进、注意力无法集中、失眠、易怒、精神错乱、性格改变、癫痫
肌肉骨骼滑囊炎、关节痛、腰痛
呼吸系统哮喘、支气管炎、喘息
皮肤座疮、湿疹、麻疹、瘙痒、皮疹
其他新律不齐、浮肿、休克、疲劳、头痛、低血糖、鼻喉痒、偏头痛、鼻窦炎